Tuesday, 3 March 2015

Rabie 3: Mecanism de infectie si morfologie


Cu ajutorul microscopului nu se poate diagnostica turbarea, intrucat infiltrate inflamatorii in trunchiul cerebral putem gasi la nenumarate alte forme de encefalita (inflamarea creierului) si ele nu pot fi diferentiate in acest mod. De fapt nici cu metodele moderne de virusologie, imunologie, teste PCR, examinarea imunohistochimica a biopsiilor luate din ceafa, obtinerea de dovezi concludente pentru diagnosticul de „rabie” nu este posibila. Pentru a pune un diagnostic definitiv, care insa este afirmat doar post-mortem, in ziua de azi este suficient contactul cu un animal suspect de a fi turbat, o inflamare a creierului care duce la moarte, plus rezultatul unui "laborator de referinta". Aici trebuie fie amintit faptul ca un test de laborator este doar o constatare auxiliara care spune prea putin despre gravitatea unei boli. Ceea ce trebuie sa constientizam este ca diagnosticul indubitabil al rabiei nu este posibil.

Aberatiile nesimtite de mai sus sunt relativ simplu de demontat cu evidence-based science, pentru ca desi stiinta moderna este inca in bezna cunoasterii cand vine vorba de biologie functionala (the hows & whys), suntem totusi destul de departe in cercetarea de tip descriptiv (the whats). Ca sa isi acopere urmele insa, ex-Dr. Loibner foloseste un truc pe care il folosesc toti escrocii si psihopatii din online, adica imprastie intr-un singur bloc de text dezinformare dinspre toate domeniile biomedicale. Spre exemplu, in paragraful de mai sus atinge superficial (si in anumite cazuri eminamente elucubrant) imunologie, genetica, virusologie, histopatologie si medicina clinica. Evident ca nu explica nimic si nu citeaza nimic (pentru ca nu are ce), insa chiar si asa face munca oricarui critic extrem de dificila, punandu-l in situatia sa se documenteze si apoi sa elaboreze pe fiecare din ariile respective. Unui clinician ii va fi greu sa citeasca imunologie, iar un imunolog nu stie foarte multa medicina clinica. Pubmed insa stie tot din fiecare.

Ca sa intelegem functia virusului si de ce diagnosticele genetice (PCR), imunohistochimice (anticorpi) si imunologice (tip ELISA) functioneaza (si inca foarte bine), cred ca trebuie intai sa definim mecanismele moleculare de infectie, morfologia virusului si tabloul clinic al rabiei la om (pentru satisfactia deplina a lu' tanti Feli, vom vorbi si despre clisme si lilieci ulterior). Exista nenumarate surse de incredere disponibile online care detaliaza mecanismele infectiei (e.g. 1, 2), ca urmare nu ma afund prea tare in informatii. Pe scurt, dupa ce te musca potaia, liliacul sau chiar Feli insasi si se produce inocularea, virusul rabiei (Lyssavirus) intra intr-un axon si migreaza centripet catre sistemul nervos central, fie calarind un motor molecular gen dineina, fie folosind o vezicula endozomala ca transportor. Realitatea e ca nu se stie inca exact mecanismul prin care se misca de-a lungul axonului, dar de-aia e stiinta misto, ca inca mai avem chestii de aflat. Pentru cine e curios ce este dineina si cum functioneaza un motor molecular (fascinating stuff), exista un review excelent, publicat recent in Nature. Motivul pentru care virusul rabiei nu se multiplica local este ca axonul nu are echipamentul celular necesar pentru replicare, transcriptie si sinteza proteica.



Structura Lyssavirus. Imagine preluata de pe http://www.cdc.gov/rabies/transmission/virus.html


Odata ajuns in corpul neuronal insa, virusul rabiei are un comportament atipic chiar si comparativ cu rude apropiate din familia Rhabdoviridae prin faptul ca nu se inmulteste necontrolat, ci pastreaza expresia de proteine virale (aproape intotdeauna citotoxice) la minimum. E un virus stealth, daca vreti, care nu deranjeaza prea tare interiorul celulei si asta din doua motive: 1) pentru ca nu este in interesul lui biologic ca neuronul sa moara si 2) pentru ca nu este in interesul lui biologic sa agite prea tare sistemul imun. Este important sa mentionez discretia Lyssavirusurilor, acesta fiind unul din multele argumente care contreaza dogma centrala a paranoiei rabia nu exista, i.e. "nu se vizualizeaza particule virale in fragmentele de tesut, deci nu exista infectie". Un alt argument important care explica dificultatea vizualizarii directe a particulelor virale si pe care mamicute pedagog gen Falafeli nu au cum sa il inteleaga, este ca un virus nu este un ansamblu molecular static. Ca sa poata sa isi indeplineasca functia intracelulara ARN-ul trebuie sa fie liber, nu incapsulat. De-altfel marea parte a timpului pe care virusul il petrece in celula este sub forma unui material genetic ambulant. Nu stiu cate ore de microscopie electronica are Feli la activ, dar o pot asigura ca in absenta capsulei glicoproteice sau a unor markeri specifici, este aproape imposibil sa identifici topografic sau morfologic ARN plutitor in citoplasma (cu atat mai putin sa confirmi ca e viral), indiferent ce microscop electronic folosesti. ARN-ul plutitor se confunda in masa de filamente subtiri, intermediare si (in anumite cazuri) groase din citoscheletul normal al oricarei celule, mai ales ca e micut (12 kilo-baze).

In ciuda faptului ca particulele virale intregi sunt putine ca numar si nu raman prea mult in acea forma de organizare moleculara, cel putin teoretic, ele ar putea fi vizualizate ex-vivo/in situ (pe un fragment scos din corp) in cazul in care se surprinde fix sectiunea de tesut care trebuie (adica un slice ideal de 50-200 nanometri dintr-o celula cu de cateva zeci de ori mai mare), si fix in momentul care trebuie (adica in momentul intrarii virionului in corpul neuronal sau in momentul expulziei noilor virioni din celula). S-au publicat astfel de imagini si vor continua sa se publice, insa nu prea multe. Explicatia nu este ca "Big Pharma" si "reptilieni", ci ca in lumea reala a oamenilor care nu necesita tratament anti-psihotic, exista metode mult mai putin laborioase si in mod esential mai rapide, atat pentru diagnostic de certitudine, cat si pentru a genera o cantitate suficienta de virus pentru studiu. Microscopia electronica este greoaie si aproape invariabil efectuata post-mortem. Totusi, special pentru Feli, prin generozitatea care ma caracterizeaza, ofer pe tava o imagine superba de microscopie electronica ex-vivo (Fig 3B) publicata intr-un articol per-total foarte misto, in cel mai prestigios jurnal medical din lume (NEJM). Daca totusi Feli va fi de parere ca autorii si reviewerii NEJM sunt incompetenti si au considerat ca fiind virion vreun organit, o invit sa ne spuna ce organit citoplasmatic este ala.

Si apropos de organite, cam din 1903 incoace stim ca in rabie apar niste structuri foarte ciudate in citoplasma unor neuroni infectati si care desi apar doar in vreo 50% din infectii, sunt in general considerate caracteristice. Spre diferenta de virionii intregi care sunt greu vizibili, din motivele expuse mai sus, corpii Negri (sau Babeș-Negri daca va trece un fior patriot), se vad foarte bine la microscopul electronic ex-vivo, pentru ca sunt foarte electrono-densi si maricei. Ca urmare au fost studiati indelung, atat structural cat si functional si in ultimele 2 decenii niste baieti destepti au ajuns la concluzia ca sunt sit pentru transcriptie si replicare virala pentru Lyssavirusuri. Din nou, daca Feli are alte date legate de corpii Negri, eu mor de curiozitate sa le citesc. Sa se abtina insa daca argumentatia include sau se rezuma la cuvintele: "clisma", "pharma", "vaccin", "conflict interior".

Nu in ultimul rand am ales sa vorbesc pana acum de vizualizare de particule virale ex-vivo, pentru ca joc dupa regulile tampite ale unor dudui din online si ale unor adepti ai NMG, care nu inteleg (sau se prefac ca nu inteleg) cercetarea fundamentala si implicit de ce se amplifica virusuri in cultura (chestie pe care am sa o explic cu alta ocazie). Ca o paranteza aproape comica, o buna parte dintre aceste dudui sunt atat de nivelate pe creier incat considera ca singura dovada a existentei unui agent patogen este "fotografierea virusului in-vivo". Adica, pentru claritate, vor o poza cu un virus facuta stil radiografie, asa ca in Star Trek. O cerinta rezonabila, cam ca define the Universe and give 3 examples. Ca urmare am exclus cu buna stiinta cateva sute (literalmente) de lucrari stiintifice excelente, care nu doar vizualizeaza, dar si caracterizeaza structural si/sau functional virusul rabiei in vitro. De-altfel noi stim cum arata si ce contine virusul in special din studii in vitro. Ca exemple de astfel de lucrari (pentru cei cu mai mult de 6 neuroni, excuse the pun):
a) Studii morfologice pe virioni intacti: electrono-tomografie de particule virale in cultura, studiu electrono-microscopic pe soricei infectati, alt studiu pe soricei, aratand expulzia particulelor virale din corpul neuronal (un mecanism care se numeste "inmugurire"), un studiu pe celule renale de hamster etc. Toate cele enumerate contin imagini de electrono-microscopie excelente si acopera ultimii 50 de ani de cercetari morfologice pe virioni intacti.
b) Studii structurale pe componente izolate ale virionului: ansamblul nucleoproteina-ARN (1, 2, 3), proteina matriciala etc Adica niste baieti si fetite foarte inteligenti (clar nu healthcoach in devenire) au separat prin varii metode componentele Lyssavirus, le-au analizat si apoi le-au si reconstruit 3D (printr-o metoda spectaculoasa, dar despre care nu planuiesc sa vorbesc aici*). Toate studiile sunt publicate in jurnale cu impact factor foarte mare si au rezolutii structurale foarte bune. Mi s-a facut lene sau dau copy paste la linkuri, jur, desi si simt ca am nedreptatit foarte multe studii misto.

In mod evident dupa ce se uita si Feli ca broasca la bariera (sau ca vitelul la poarta noua, ca sa nu para ca incerc sa jignesc) la studiile respective, va emite una din deja clasicele axiome NMG. Si o sa citez din nou din Feli, dintr-un articol delicios despre cum virusurile (in general) exista, dar de fapt nu exista:

Imaginile luate cu microscopul electronic, care „chipurile” arată virusuri, ne prezintă în realitate fie părţi componente din celule special preparate în eprubetă (tratate cu diferite substanţe, care provoacă stress fiziologic celulelor, astfel încât acestea elimină anumite particule) sau particule care fac parte din procesul de import şi export (transport intercelular) dintre celule. În cazul virusului polio sau al altor virusuri despre care se susţine că ar provoca tumorile cancerigene, există imagini făcute cu microscopul electronic. Particulele cristaline create „artificial” în vacuum sunt în mod fals desemnate ca fiind virusuri!

Acele anumite particule la care se refera Stephan Lanka (un NMGist trist si cu aer emasculat), sunt de fapt vezicule extracelulare. Desi stiu foarte multe despre veziculele extracelulare (cu siguranta mai mult decat Lanka, Feli si Lolivia la un loc), eu inca n-am intalnit vreo astfel de structura cu morfologie de glont (bullet-shaped), asa cum au Rhabdoviridele. Absolut toate veziculele extracelulare descrise in literatura au morfologie sferoida (de fapt in forma de cupa) si membrana regulata. Singurul loc unde apar astfel de particule bullet-shaped, sunt infectiile cu Lyssavirus sau VSV diagnosticate clinic, genetic si imunologic, precum si in culturi infectate intentionat cu Lyssavirus. Fantastic ce coincidenta! Desigur, exista o explicatie Feliciana pentru acest fapt. Este posibil, sa zicem, ca Zana Maseluta sa se pogoare peste pacient sau cultura de celule si cu o miscare din bagheta ei magica sa faca toate celulele sa ejaculeze gloante pline de ARN viral, in ritm de mitraliera. Extrapolez pe aceasta ipoteza si afirm ca singurul tratament pentru o astfel de situatie este deja sfanta clisma cu sos Genin (se stie, cel mai bun sos de shaworma din Bucuresti).

Dar sa revenim la citatul initial al ex-Dr. Loibner si in special la prima fraza. Dupa ce am aratat indubitabil ca virusul exista fizic si se poate vizualiza atat ex-vivo cat si in vitro, atat complet, cat si pe bucati sau indirect, merita scoasa in evidenta o alta smecherie a cabotinilor din pseudo-stiinta. Vreau sa observati ca ex-Dr. Loibner nu spune "Cu ajutorul microscopului nu se poate diagnostica turbarea in neuroni", ci "Cu ajutorul microscopului nu se poate diagnostica turbarea in infiltratul inflamator". E o mentiune importanta, pentru ca diagnosticul electrono-microscopic sau chiar optic se face pe neuroni (prezenta corpilor Negri sau imunohistochimie) si nu pe infiltratul inflamator (supa de celule imune care vin la fata locului sa inspecteze situatia), care intr-adevar nu este specifica encefalitei rabice. Trucuri obosite.

Pe final am sa sar intentionat partea legata de mecanismele moleculare ale replicarii si transcriptiei, pentru ca sunt foarte putin relevante pentru discutie si oricum cu mult in afara sferei de intelegere a lui Feli. Odata realizata replicarea virala, virionii sunt eliberati din neuron prin inmugurire din membrana celulei, preluand in esenta controlul mecanismelor de expulzie proprii celulei. Dupa ce acest ciclu viral se repeta de suficiente ori si virusul se inmulteste suficient de mult in sistemul nervos central, apar leziunile neurologice, se amplifica raspunsul imun si se instaleaza tabloul clinic al rabiei. Dar despre asta in episodul urmator.



*PS despre microscopul electronic: In mai multe locuri Feli incearca sa dea impresia ca stie ceva despre aparatura care se utilizeaza in biologia structurala si moleculara si -de interes pentru articolul de fata- despre microscopul electronic. Din nefericire stie cam tot atat cat stiu eu despre clisme cu frunze de ficus si pe cuvant ca nu stiu foarte mult. Nu vreau sa intru in detalii despre principiile de functionare ale microscopului electronic, pentru ca scopul blogului nu este sa predau tehnici de laborator la nivel de master in biologie. Cine doreste informatii le poate gasi online sau se poate inscrie direct la un master. Ceea ce vreau sa fac este sa comentez urmatorul paragraf al lui Falafeli.

Tocmai de aceea începând din anii 80, virologii au renunţat din ce în ce mai mult la folosirea microscopului electronic - efectuarea unei fotografii dureaza circa 20 de minute şi costă doar cateva sute de dolari - precum şi la legile clasice ale virologiei, începând să facă „construcţii fanteziste” care să fie probate cu DOVEZI INDIRECTE şi acceptate prin consens).

Doar in aceasta fraza se gasesc vreo 6 aberatii si de aceea vreau sa o felicit pe Feli pentru curajul de a spune idiotenii la foc continuu, ignorand complet simtul ridicolului. Din motive de spatiu, voi vorbi doar despre 3 dintre ele. In primul rand ca abia din anii '80 au inceput virologii sa utilizeze microscopul electronic la adevarata lui valoare. Mai precis, in anii '80 s-a nascut crio-electrono-microscopia, care a permis achizitia unor imagini la rezolutii care nu se puteau obtine inainte prin coloratie negativa sau acoperire cu metale grele. In traducere pentru Feli, microscoapele de dupa anii 80 faceau poze mai bune. Mai mult decat atat, odata cu crio-electrono-microscopia si imbunatatirea capabilitatilor microscoapelor conventionale s-au pus si bazele analizei tip single particle si a procesarii computationale a datelor, cu tot ce inseamna asta (alinieri de particule, reconstructii 3D, corelatii cu structuri obtinute prin cristalografie cu raze X etc). In traducere pentru Feli, computerele pew-pew au ajutat la studiul bulinelor rele. Ca urmare, nu numai ca nu s-a limitat utilizarea microscopului electronic, dar este chiar o explozie de studii care folosesc aceasta tehnica, pentru ca se obtin date structurale spectaculoase. O mare parte din virusii existenti au fost deja reconstruiti 3D pe baza datelor de microscopie electronica.

In al doilea rand "efectuarea unei fotografii" la microscoapele post-2000 dureaza intre 500 ms si 5 s, la un timp de expunere "standard" adica fix cat ii ia camerei CCD sa imprime imaginea. Timpul variaza, pentru ca si tipurile de camere variaza. Unele sunt mai bune, altele mai proaste, cam ca la aparatele foto. Imaginea se imprima apoi digital pe un hard-disk si costa cam cata biologie stie Feli, adica ZERO. Acestea fiind spuse doresc sa ii urez lui Feli bun venit in secolul 21. Feli, avem o multitudine de minunatii aici, in viitor. Robineti cu senzor la baie, masini cu servodirectie si pentru tine special, roboti de bucatarie de inalta performanta.


Regards,
 
Skeptic Pengu

10 comments:

  1. Avem gloanțe, Feli, avem gloanțe!
    Pentru tine, pe Facebook.
    Te pup,
    SuperTati

    ReplyDelete
  2. :))))))) Un deliciu de articol

    ReplyDelete
  3. "aberatii nesimtite"?
    "ex-dr. Loibner"?
    Cam multe emotii, baieti, si asa va dati cu stangu'n dreptu' la examenul de credibilitate!
    Feli asta are muuuulte mamici care o asculta. Probabil stiu ele de ce.

    ReplyDelete
    Replies
    1. Sunt multi si cei care participa la spirale in care se stropesc cu urina reciproc. "Probabil stiu ei de ce". Tipic pentru un aprofundac sa foloseasca argument ad populum.

      Apropos tie nu iti simt lipsa de la vreo spirala?

      Delete
    2. "Realitatea e ca nu se stie inca exact mecanismul prin care se misca de-a lungul axonului" - de fapt nu se stie nimic, tot ce ai explicat tu sunt elucubratii daca nu ai izolarea virusului. veziculele sunt "virus",daca nu ai biochimia de virus poti sa canti la alta masa cu linkurile tale. am citit si ce a tradus feli asta cu care te tot lupti, dar articolul tau spre deosebire de explicatiile logice ale lui Lanka, nu m-a convins.

      Delete
    3. Salut Feli. Nu pe tine incerc sa te conving, ci pe cei cu mai mult de 6 neuroni (dupa cum am scris clar in articol). Mersi ca te-ai oprit pe la noi.

      Delete
    4. Asa putini cititori ai incat crezi ca sub fiecare anonim se ascunde Feli? Cam narcisist pianul ala pe scarile tale :-)

      Delete
    5. Cred ca trebuie sa mai cauti definitia cuvântului "narcisist".

      Delete
  4. Cum "pluteste" ARN-ul in citoplasma la microscopul electronic, cand tot ce e "vazut" cu acel microscop este de fapt un artefact de laborator, nemaiavand nimic comun cu ARN-ul din structurile vii?
    Ai putea sa postezi un video?

    ReplyDelete
    Replies
    1. Ca deobicei aprofundacii nu au doar probleme de intelegere, ci chiar de citire a unui text simplu. Asa cum am scris, ARN-ul plutitor (adica liber sau neincapsulat) NU se poate vedea la microscopul electronic, pentru ca e prea mic si este mascat de restul structurilor din celula. Tocmai asta este problema.

      In rest, ca sa nu pierd vremea intr-o polemica in care doar eu muncesc sa aduc dovezi pentru a sustine niste adevaruri universale, as vrea intai niste argumente peer-reviewed ca ceea ce se vede la microscopul electronic sunt "artefacte de laborator". Din jurnale stiintifice, nu de pe bloguri si pagini conspirationiste. Discutam cand le ai. Multumesc.

      Delete